Höhlenfunde in den Niah Höhlen in Sarawak und in Kota Tampan beweisen, dass die ersten Menschen schon vor ca. 35.000 Jahren auf Borneo (Ostmalaysi) lebten. Sie waren Jäger und Sammler. Vor ca. 10.000 Jahren entwickelten sie Steinwerkzeuge mit denen sie Holz und Bambus bearbeiten konnten. Erste Felder entstanden in den Küstengebieten, es wurden Nutzpflanzen wie Taro und später Reis angebaut. Im Landesinneren und im Dschungel blieben die Menschen in Ihrer Entwicklung "zurück". Bis weit ins 20. Jahrhundert hinein lebte ein Großteil der Dschungelbevölkerung - die Orang Asli - von den Früchten des Regenwaldes und seinen Tieren. Ackerbau kam kaum vor, daher lebten sie weiterhin wie Jäger und Sammler.
Vor ca. 4.000 Jahren wanderten verschiedene Bevölkerungsgruppen von Kontinentalasien in die malayische Halbinsel ein. Sie standen auf einer steinzeitlichen Kulturstufe, kannten aber bereits den Ackerbau und hielten sich die ersten Schweine und Rinder.
Vor ca. 2.500 Jahren kamen die ersten Deuteromalaien. Sie konnten bereits Eisenwerkzeuge herstellen und "erfanden" den Reisterassenanbau. Das war der Beginn des sesshaften Lebens. Die ersten Dörfer und Gemeinschaften entstanden
In den ersten Jahrhunderten n. Chr. entstanden kleine malaiische Reiche die von der indischen Kultur geprägt waren. Daher nannten die Kolonialherren und Europäer Malaysia und Indonesien noch lange "Hinterindien".
Bis ins 6. Jahrhundert gehörte Westmalaysia zu Funan, einen ehemaligen Staat im heutigen Indonesien.
Zwischen dem 7. und 14. Jahrhundert befand sich Westmalaysia unter der Herrschaft des indonesischen Großreiches Srivijaya, später unter den Majapahits.
Im 15. Jahrhundert gründete Paramesvara das Sultanat Malakka. Paramesvara war ein fürst aus Sumatra ( Indonesien ) wo er flüchten musste. Er baute Malakka, mit der Hauptstadt Melaka, dem heutigen Malaka zu einen bedeutenden Umschlagplatz im West-Ost Handel aus. Er führte den Islam in Malaysia ein. Unter seinen Nachfolgern breitete sich die Herrschaft bis ins heutige Südthailand aus.
1511 war es erstmals mit der Herrschaft vorbei. Die Portugiesen eroberten Malakka, bauten die Stadt zur Festung aus und verlegten den Regierungssitz nach Johore.
1641 fiel Malaka an die Holländer und 1795 schließlich an die Briten. 1819 gründete Sir Simon Raffles die Handelsniederlassung Singapur. 1867 wurden Penang, Malakka und Singapur Kronkolonien der Engländer.
1895 wurden die Federated Malay States gegründet. 1909 erzwangen die Briten vom damaligen Siam (Thailand) die Abtretung der Sultanate Kedah, Persil, Kelantan und Trengganu (Terengganu).
Im zweiten Weltkrieg war Malaysia von Japan besetzt. 1945 wurde England wieder "Besitzer" Malaysias und wurde 1948 in den Federation of Malaya ungewandelt. Singapur erhielt einen autonomen Sonderstatus.
Schließlich erlangte der Malaiische Bund 1957 die Unabhängigkeit von Großbritannien. Erster Ministerpräsident Malaysias wurde Tunku Abdul Rahman. 1963 schloss er sich mit Singapur und Sarawak und Sabah in Ostmalaysia (Borneo) zu einer Förderation zusammen. Dies führte zu erheblichen Spannungen mit Indonesien. 1964 kam es zu schweren Kämpfen und Auseinandersetzungen zwischen Malaien und Chinesen in Singapur. Singapur trat aus der Förderation aus.
1969 kam es wieder zu blutigen Unruhen in Kuala Lumpur. Dies führte zu einem Ausnahmezustand bis 1971.
Unter Ministerpräsident Seri Maharit Mohammed entwickelte sich Malaysia zu einem der Schwellenländer. 1993 setzte die Regierung änderungen in der Verfassung durch, das die Privilegien der Sultane beschnitt. 1995 wurde der Sultan von Selangor, König von Malaysia. 2002 erklärte Mahathir seinen Rücktritt. Abdullah Achmad Badawi wurde 2003 zu seinem Nachfolger gewählt und 2004 in seinem Amt bestätigt.2008 wurde die Barisan Nasional erneut stärkste Kraft. Die Oppositionsparteien schlossen sich in der Koalition Pakatan Rakyat zusammen. Am 3. April 2009 wurde Najib Tun Razak neuer Premierminister. Seit Mai 2021 ist Tun Mahathir bin Mohamad, kurz Mahathir oder Dr. M genannt Premierminister Malaysias.